Het hoogheemraadschap bestaat in zijn huidige vorm uit 1323. Doel was waterkering van de Lekdijk. Wat er voor 1323 was weten we niet, maar was er in een andere vorm. Het afvoeren van teveel water was een taak van de gerechten.
De eerste waterschappen dateren uit de middeleeuwen. Deze ontstonden na de ontginningen van de lagere delen. Sommige gebieden in de ontginningen bleven nat en dit leverde strijd op tussen boeren onderling. Samenwerking in de vorm van een waterschap was dan de oplossing.
Ook de komst van een poldermolen was aanleiding voor de vorming van een waterschap. Er werden dan kades en dammen aangelegd, om te voorkomen dat er vreemd water de polder in kwam en de windmolens voerde het water af. Daarnaast werden door het waterschap de watergangen geschouwd. De schouw van de hoofdwatergangen was een taak voor het gerecht.
De oudste waterschappen zijn:
| Vechter- en Oudwulverbroek | 1304 – 1969 |
| Laag Raven en Kleine Koppel | 1461 – 1950 |
| De Knoest | 1599 – 1950 |
| De Beesd / Blokhoven | 1599 – 1959 |
| Lee- en Rietsloot | 1634 – 1969 |
| De Eersbil | 1663 |
| Wulven | 1653 – 1950 |
| Biester | 1761 – 1959 |
Waterschappen in de 19e eeuw
In de 19e eeuw kwam er een herindeling van de waterschappen. Er kwamen reglementen en een bestuur. Op 30 december 1863 ging dit in. Deze waterschappen bestreken een groot deel van de gemeente en hielden zich vooral met de hoofdwatergangen bezig en het lokale wegennet. In het waterschap was vaak de burgemeester voorzitter. Het waterschap was eigenlijk een afdeling openbare werken.
| Tull en ’t Waal | 1863 – 1969 |
| Schalkwijk | 1863 – 1969 |
| Houten | 1863 – 1969 |
Naast de gemeentelijke waterschappen bleven er enkele gebieden over die meerdere gemeenten bestreken en waar samenwerking noodzakelijk was. Zo zorgde de invoering van het stoomgemaal ervoor dat het water uit meerdere polders kon worden afgevoerd. Deze waterschappen waren alleen met waterbeheersing bezig.
| Buitendijks | 1863 – 1970 |
| Groot Vuylcop | 1810 – 1950 |
| De Gemeene Boezem van de Hoonwetering | 1882 – 1950 |
| De Wiers en De Geer | 1881 – 1970 |
Waterschappen na de Tweede Wereldoorlog
Na de Tweede Wereldoorlog volgden een aantal herindelingen. In de huidige gemeente Houten gaat het om de volgende waterschappen:
| Herindeling door komst Amsterdam-Rijnkanaal | |
| De Hoon | 1950 – 1970 |
| Vuylcop | 1950 – 1970 |
| Liesbosch | 1950 – 1970 |
Waterschappen na herindelingen 1970 | |
| Honswijk | 1970 – 1971 |
| Schonauwen | 1970 – 1971 |
| Uiterwaarden | 1970 – 1971 |
| Kromme Rijn | 1971 – 1994 |
| Hoogheemraadschap De Stichtse Rijnlanden | 1994 – heden |