Het christendom kreeg door de komst van de Franken in onze regio een belangrijke rol. Voor de Franken was het christendom niet alleen een geloof, het was ook een methode om het volk onder controle te houden. Via een belastingstelsel van tienden droegen boeren en adel hun belastingdeel af aan de kerk, zodat de rijkdom van de kerk toenam.
De macht van de kerk nam in de middeleeuwen verder toe en tussen 1024 en 1528 was Utrecht (Het Sticht) een vorstendom binnen het Heilige Roomse Rijk. De bisschop had wereldlijke macht en raakte betrokken bij vele oorlogen en veldslagen. Het lukte de bisschop in eerste instantie om allerlei lokale krijgsheren in bedwang te houden. De bisschop kreeg daarbij alle steun van de keizer.
Kerken en parochies
In de huidige gemeente Houten waren in late de middeleeuwen meerdere kerken en parochies. Ze hadden een belangrijke functie binnen de gemeenschap. Het kerkgebouw was de verbindende factor voor de bevolking. De parochies waren de opvolgers van de domeinen die in de Karolingse Tijd (800 na Chr) waren ingesteld. Echter werd er nu geen rechtspraak verricht of belasting geheven.
De parochie in Schalkwijk richtte zich op de Schalkwijkse ontginning, dus inclusief het gerecht Schonauwen. Houten met dochterkerk ’t Goy volgde ook globaal de gerechtsgrenzen, maar vanaf 1400 werd de parochie gesplitst. De ontginning Wulven/ Oud Wulven viel deels onder de parochie Houten en deels onder de Sint Nicolaasparochie in Utrecht. De plattelanders konden hiervoor ook terecht in een kapel bij Vechten (Wiltenburg) en een kapel in kasteel Wulven. Langs de Lek waren kerken in Honswijk/Tull en ’t Waal. In de middeleeuwen was er een kapel bij de Groeneweg.
Na 1200 werd Het Sticht gemangeld tussen de ambitieuze Graven van Holland en de Hertog van Gelre enerzijds en de vaak opstandige burgers van de stad Utrecht en de kasteelheren anderzijds. Het duurde tot 1528 voordat de macht bij de bisschop definitief was verdwenen.
Bedevaartsplaats
Tussen 1450 en 1580 bevond zich in de kapel van kasteel Wulven een Mariabeeldje. Pelgrims uit de wijde omtrek kwamen naar O.L. Vrouw van Houten, omdat aan het beeldje wonderlijke krachten werden toegeschreven. Hierdoor staat Houten bekend als een bedevaartsplaats.
Reformatie
Met de reformatie in 1580 ontstonden er verschillende stromingen binnen het christendom. Enerzijds waren er de hervormden en anderzijds de katholieken. In Schalkwijk werd een Statie opgericht. Na de Franse tijd kregen de katholieken hun kerkruimte weer terug. Het geloof in Houten kreeg vorm in de volgende kerken:
| Kerk in Houten | Houten | 695 – heden |
| Kerk in Schalkwijk | Schalkwijk | 1150 – heden |
| Kerk in Tull/Honswijk | Honswijk | 1100 – 1837 |
| Kapel in Honswijk | Honswijk | 1346 – 1460 |
| Kerk in ’t Waal | Tull en ’t Waal | 1338 – heden |
| Kapel/kerk in Oostrum | Oostrum | 1100 – 1825 |
| RK kerk in Houten | Houten | 1884 – heden |
| RK kerk in Schalkwijk | Schalkwijk | 1878 – heden |
| RK kerk in ’t Goy | ’t Goy | 1866 – heden |
Huidige tijd
Met de groei van Houten vanaf 1978 ontwikkelde er zich een grotere protestantse geloofsgemeenschap. Dit werd mede veroorzaakt doordat de woningtoewijzing in de jaren 80 niet transparant verliep. Aanvragen van protestanten en CDA-stemmers werden eerder gehonoreerd, dan mensen met een andere voorkeur. Pas vanaf 1990 kregen mensen van buitenaf gelijke kansen.
In Houten werden diverse nieuwe kerkgebouwen gebouwd. Andere diensten worden bv in de aula van de Heemlanden gehouden, schoollokalen of in huiskamers.
In 1999 opende koningin Beatrix het Moluks Kerkelijk Centrum aan de Oudwulfseweg. Hier vinden diverse christelijke stromingen onderdak. Er worden geen kerkdiensten gehouden. Sinds 2007 is er wel een islamistische gebedsruimte ingericht.
Vanaf 2019 is er een (nood) moskee in Houten.