Steentijd
In de periode van de Saalien (238.000 tot 128.000 jaar terug) kwam het landijs tot aan Utrecht en werd de Utrechtse Heuvelrug gevormd. Gedurende de Weichselien tijdens de laatste ijstijd (116.000 tot 11.700 jaar geleden), kwam het landijs niet meer zo zuidelijk, maar was de ondergrond bevroren.
In Nederland heerste toen een poolklimaat, afgewisseld door een toendraklimaat. Het was droog en los zand stoof rond. Sporen van dit kale landschap bevinden zich op 4 tot 7 meter diepte in de Houtense bodem. De zeespiegel stond 120 meter lager dan tegenwoordig en Nederland was met Engeland verbonden.
Door het ijskap van de Saalien werden de Rijn en de Maas gedwongen westwaarts te stromen. In 9.000 voor Christus stroomden de Rijn en de Maas door een groot aaneengesloten dal tussen
Houten en Kerkdriel. Ze vormden grote
vlechtende riviervlaktes.
Vanaf -5000 voor Chr. ontstaat er vegetatie (
bron). Rivieren sneden zich dankzij de vegetatie steeds vaker in het landschap en volgde een vaste route met een meanderd karakter. Ten zuiden van Houten krijgt de Rijn een vaste loop met een constante waterafvoer. Ook kleine riviertjes snijden zich in het landschapen en rond 4850 voor Christus ontstaat de rivier
De Wiersch in het uiterste zuidwesten van de huidige gemeente.
Rond 4000 voor Christus komt er een eind aan de snelle zeespiegelstijging en begint de huidige kustlijn van Holland zich te vormen. Wat de zee neemt, geven de rivieren terug, waardoor het landschap zelfs groter wordt. Het binnenland bestaat uit veen en is moeras.
Eerste bewoning
Op de grens van de Nieuwe Steentijd en de Bronstijd arriveren de
eerste bewoners in Houten.
Bij archeologische opgravingen langs de spoorlijn ter hoogte van het huidige Raaigras bij de stadsverwarming, zijn
fragmenten van een bekerpot en een groot en zwaar stenen aambeeld of maalsteen gevonden.
Ook zijn er aardewerk, vuursteen en natuursteen en dierlijke botten gevonden. Deze voorwerpen zijn gedateerd op de periode 2200 – 1970 voor Christus. De
toenmalige bewoners hielden runderen, verbouwden gerst en mogelijk tarwe. Ook werd er gejaagd op hert.
Opmerkelijk is dat het archeologisch rapport meldt dat er een scherf is gevonden, die mogelijk terug te voeren is tot het Midden-Neolithicum. Dit betekent dat dit voorwerp ergens rond 6500 voor Christus moet worden gedateerd.