In de late middeleeuwen kenden we in eerste instantie enkele kernen zoals Houten, Loerik, Tull (Honswijk), Westrum en Oostrum.
In de elfde eeuw wordt het gebied ten westen en noorden van Houten ontgonnen. Steeds vaker is er sprake van de vorming van gerechten.
Waterhuishouding
Rond het jaar 1122 komt de waterhuishouding op gang en wordt de Rijn bij Wijk bij Duurstede afgedamd. Om Utrecht weer met het Rijnsysteem te verbinden wordt omstreeks 1127 de Vaartsche
Rijn gegraven. Daarna volgen de Schalkwijkse ontginningen die het landschap behoorlijk veranderden.
Het dorp Schalkwijk ontstaat in 1136 en verschillende kerken worden gebouwd. Westrum verdwijnt. Als in 1170 het zeewater tot aan de stadspoort van Utrecht staat, lijkt onze regio er weinig last van te hebben.
Gewelddadige 14e
In de 14e eeuw verschijnen er steeds vaker stenen kastelen.
Vanuit kasteel Schonauwen (1305) wordt de polder Vuijlcop bestuurd.
Ook verschijnen er versterkte boerderijen zoals Hennesprong (1247), Overdam (1357) en buitenplaatsen als Wickenburgh (1381).
De edelen in de kastelen worden steeds opstandiger en behoorlijk vaak komt het tot forse confrontaties. Naast de strijd met de Graven van Holland is de bisschop van Utrecht ook druk met zijn opstandige edelen.
Kastelen worden door de bisschop belegerd en regelmatig afgebroken. De komst van buskruit en kanonnen zorgt voor een nieuwe fase in de oorlogsvoering.
De oorlogen betekenden de vernietiging van Marckenburg, Ten Goye, Wulven, Westenstein, Blommesteyn, Tull en Schalkwijk. Enkele kastelen werden herbouwd.
Plunderingen
In 1315 plunderde Ghisebrecht Utengoye tijdens een hongersnood delen van Het Sticht. Hij werd daarop in 1317 onthoofd. Roofridder Jan van Rhijnestein uit Cothen sloeg in 1396 toe. Hij plunderde het volledige dorp Oostrum en wat hij niet mee kon nemen stak hij in brand.
In 1421 worden Houten en Loerik geplunderd door soldaten uit Gelre. Rond het jaar 1350 woedt de pest. Velen sterven.
Grensgebied
Het zuiden van de huidige gemeente Houten (Schalkwijk en Tull en 't Waal) valt in de Late Middeleeuwen onder de Heer van Culemborg en/of Heer van Vianen. Het zijn steden die afwisselend samenwerken met Holland, Gelre of een vrijstaat vormen. Houten valt onder Het Sticht en staat onder invloed van de Bisschop. Na de Arkelse oorlogen aan het begin van de 15e eeuw komt er rust in de regio.
| ±1050 | Ontginningen Wulven+Waijen |
| ±1050 | Eerste stenen kasteel |
| ±1100 | Kapel Oostrum |
| 1122 | Afdamming Rijn |
| 1133 | Ontginningen Schalkwijk |
| 1136 | Ontstaan Schalkwijk |
| ±1150 | Kerk Tull |
| 1164 | Kerk Schalkwijk |
| 1233 | Doorbraak Lekdijk |
| 1247 | Versterkte boerderijen |
| 1261 | Kasteel Schonauwen |
| 1296 | Kasteel Wulven |
| ±1300 | Veerverbindingen Lek |
| ±1300 | Vuylcop gebouwd |
| 1304 | Slag met Vlamingen bij Lek |
| 1317 | Belegering kasteel Ten Goye |
| 1338 | Kerk 't Waal |
| 1350 | Pest |
| 1353 | Oorlog Jan van Arkel IV |
| 1381 | Wickenburgh gebouwd |
| 1396 | Oostrum geplunderd |
| 1400 | Kapel 't Gooi wordt kerk |
| 1401 | Arkelse oorlogen (tot 1412) |
| 1417 | Kerk Honswijk verwoest |
| 1421 | Houten/Loerik geplunderd |
| 1496 | Overstroming Lekdijk |