Midden Steentijd (Mesolithicum)
In de Midden Steentijd steeg de zeespiegel verder. Grote delen van het huidige Zuid-Holland, Zeeland en Noord-Holland kwamen onder water te staan. De kust veranderde in een soort waddengebied. Rond 6400 voor Christus was de zeespiegelstijging heel sterk en staat bekend als het
8.2 event.
De kustlijn kwam ergens in de buurt van Gouda te liggen. Met storm kwam de zee verder landinwaarts.
In de gebieden die net buiten het bereik van de zee lagen, steeg het grondwater tot op maaiveldniveau. Hierdoor ontstond er vegetatie, moerassen en bomen.
Volgens de Atlas van het Holoceen (
bron) stroomde in jaar 5500 voor Christus, de Rijn ten zuiden van Houten naar de zee bij Gouda. Houten was iets hoger waar rivier en zee afzettingen hadden achtergelaten. Het uiterste noorden van Houten was een dekzandgebied.
Rond 5000 voor Christus vindt de eerste veenvorming in Houten plaats (
bron). Langs de Rijn ontstond de rivier
De Wiersch, die tegenwoordig in de ondergrond van Houten en Het Klooster is terug te vinden. Deze rivier liep parallel aan de grote Rijn. De zeespiegel was in die tijd 6 a 8 meter lager dan tegenwoordig.
Het landschap van Houten raakte in deze tijd ook begroeid met bomen. Gedacht moet worden aan Elzen, een boomsoort die goed tegen een natte ondergrond is bestand en tot in de Middeleeuwen aanwezig zou zijn.