Vroeg-Romeinse tijd
De Romeinen komen in de periode -58 en -52 voor Christus tijdens de
Gallische oorlog dicht in de buurt van het rivierengebied. Maar het zwaartepunt van deze oorlog speelt zich vooral af in Limburg en Belgie. Een in 2006 gevonden munt van de Eburonen doet vermoeden dat ook in Houten manschappen werden gerecruteerd voor deze oorlog. Vanaf het jaar -15 voor Christus hebben de Romeinen interesse in de Rijn. In het jaar 12 zijn de Romeinen er massaal en steken ze de Rijn over. Het zwaartepunt van de aanval vindt plaats vanuit Nijmegen.
Militair steunpunt Fectio
Vanaf het jaar 4 wordt het drukker in de regio. Even ten noorden van Houten wordt
Fectio gebouwd. Fectio is van strategisch belang, omdat het vlakbij de splitsing van de Rijn met de Vecht ligt. Vanuit Fectio kan via de Vecht naar Frisia worden gevaren. Frisia is op dat moment in handen van de Romeinen.
De Romeinen controleren het gebied en stammenoorlogen zijn niet meer aan de orde. De inwoners van Houten worden voedselleverancier van Fectio en de economie komt tot bloei. Houten was een plek waar de veteranen, vrouwen, vriendinnen en kinderen van de soldaten woonden. Daarnaast oefenden ambachtslieden en kooplui hun beroep uit. De lokale inwoners maakten kennis met nieuwe technieken en gebruiken, maar ook andere eetgewoonten en religieuze gebruiken.

Archeologen zien dat in deze periode een toename van zowel het aantal schapen of geiten als het aantal paarden, ten koste van rund. Uit botonderzoek blijkt dat ook paardenvlees werd gegeten.
Tarwe, haver en gerst worden ook verbouwd in deze periode. De Romeinen voeren dille en selderij in, dat gebruikt werd voor saus bij visgerechten.
Opstand van de Frisii
In het jaar 28 komen de Frisii in opstand. De Frisii woonden vooral in Noord-Holland, waar in Kinheim (Kennemerland) hun hoofdbasis was. De oorlog speelt zich af rond Flevum (Fort Velsen). In Houten is er weinig van te merken.
Dat Houten een rijke omgeving was, blijkt ook aan de vondst van een deel van een Romeinse grafsteen bij de Molenzoom uit het jaar 42 na Christus. Het gaat om een van de oudste grafstenen die Nederland kent. De grafsteen is van een Romeinse soldaat, die in dienst is geweest bij Fectio en zijn oude dag in Houten doorbracht.
Romeinse Noordgrens
In het jaar 47 probeerden vallen de Frisii opnieuw aan. De Romeinen roepen vervolgens de Rijn uit tot noordgrens en besluiten tot een stevige grensbewaking.
Langs de noordgrens werden castella en wachttorens aangelegd. Ook kwamen er militaire wegen. De belangrijkste weg was de grensweg die langs de
Limes liep. Vermoedelijk liep deze enkele honderden meters ten zuiden van de Rijn.
In december 2006 zijn op Houtens grondgebied in Oud Wulven vlakbij de Marsdijk, de restanten van een verharde Romeinse weg uit de eerste eeuw na Christus ontdekt. Het is de eerste keer dat de Limes in het Kromme Rijngebied is aangetroffen.
Nederzettingen in Houten
In Houten ontstaan allerlei nederzettingen. Buiten de nederzettingen zijn akker en weidegronden met afwateringssloten. Langs de wegen lagen grafvelden en hier en daar was er sprake van grind- of kleiwinning. Van andere nederzettingen is bekend dat er minimaal vier boerderijen tegelijkertijd bij elkaar stonden.
Bataafse opstand
In het jaar 69 komt het tot de Bataafse Opstand. In Rome waren onrusten na de dood van Keizer Nero en de Rijnlegers werden deels teruggeroepen. Verschillende stammen zoals de Bataven, Frisii, Cananefaten en Chauken vielen de verzwakte Romeinse grens aan. Alle Romeinse bolwerken tussen Neuss en Katwijk werden geplunderd, platgebrand en de aanwezigen werd uitgemoord. Een jaar later herstelden nieuwe Romeinse legers het gezag. Vanaf dat moment kwam er een langdurige einde aan de aanvallen en brak er een periode van rust aan.