In de Laat-Romeinse tijd neemt het aantal nederzettingen af tot 15 procent van het oorspronkelijke aantal.
Geschat wordt dat zo'n 300 a 400 personen op het platteland van het Kromme Rijngebied woonden.
Locaties waar in de Laat-Romeinse tijd bewoning in Houten voorkomt zijn: Burgemeester Wallerweg, Tiellandt, Langeweg, Heidetuin, Binnenweg (De Geer), Oud Wulfseweg, Tuurdijk en Groenedijkje. Vooral in Tiellandt en op de Heidetuin blijkt bewoning voort te blijven bestaan tot in de Middeleeuwen. Schalkwijk (Pothuizerweg) lijkt te zijn verlaten.
Van de Bataven wordt steeds minder vernomen en diegenen die zijn overgebleven smolten vermoedelijk samen met de Chamavi en de Heruli uit het westen. Deze Germaanse stammen worden steeds vaker Franken genoemd en dienen ook in het Romeinse leger. Uiteindelijk leveren de Franken ook lokale leiders en worden ze een Romeins bondgenoot in het noorden van het Romeinse rijk.
De Romeinen zijn niet geheel vertrokken. Rond het jaar 300 wordt de orde hersteld en krijgen de Franken belangrijke taken bij de verdediging van het Romeinse rijk. Rond 360 wordt ook de vervallen noordgrens hersteld. Archeologen hebben hiervan sporen gevonden en ook de Romeinse geschiedschrijving meldt het herstel. Naast Romeinen zijn het vooral de Franken die een militaire functie hebben.
In Houten is er een kleine agrarische gemeenschap. Maar het is allemaal niet meer zo dichtbevolkt als in de eerste twee eeuwen. Een verklaring kan het natte onaangename terrein zijn.
In 406 trekken de Romeinse soldaten zich terug van de Noordgrens. Ze zijn elders nodig. De Franken nemen het bestuur over in opdracht van de Romeinen. De Frankische leiders blijven zich profileren in de buurt van de Romeinen die nog in het zuiden van België zijn gevestigd. Het rivierengebied lijkt niet zo belangrijk meer en is hooguit een moerassig achterland.
| ±300 | Herstel orde door Romeinen |
| ±360 | Versterking noordgrens |
| 406 | Noordgrens opgegeven |