In 1991 wordt duidelijk dat er in de regio Utrecht flink moet worden gebouwd. Ook Houten krijgt een tweede bouwtaak, terwijl de eerste nog niet is afgerond. Onduidelijk is hoeveel woningen en waar er moet worden gebouwd. Zes voorkeursplannen lanceert de gemeente, waarbij bouwen in Schalkwijk een van de opties is. Zowel in Houten als in Schalkwijk komt protest tegen de bouw. Maar de landelijke overheid besluit dat er moet worden gebouwd aan de noordkant van het kanaal. Houten moet tussen 1995 en 2005 6750 woningen bouwen.
Op 2 april 1997 wordt door staatssecretaris Tommel de eerste paal geslagen van een woning aan het Geuzenland. Hetzelfde jaar wordt deze woning opgeleverd, waarmee Houten de eerste vinex-woning van de provincie Utrecht realiseerde.
Na de bouw van de wijk De Landen volgde in snel tempo de oplevering van veel nieuwe deelwijken, zoals De Tuinen, De Meren, de Bouwen, Het Hout en Het Spoor. De lijst hiernaast geeft aan in welk jaar de eerste woning uit die wijk werd opgeleverd.
Zandwinning
In het oosten van de nieuwbouw worden midden op de Houtense stroomrug twee recreatieplassen aangelegd. Het zand dat in deze Rietplas en Oosterlaakplas wordt gewonnen wordt gebruikt voor de ophoging van de wijken aan de westkant van Houten-Zuid. Met een zandzuiger en een pijpleiding werd dit zand naar de westelijke wijken getransporteerd. Mogelijk dat daarbij archeologische sporen zijn verplaatst.
Complicatie bij de tweede bouwtaak was dat er al in een vrij vroeg stadium geld tekort was voor de aanleg van de Rondweg. De gemeente compenseerde dit door meer woningen te bouwen en de recreatieplas te
verkleinen. Een tweede probleem was dat sommige bouwprojecten in zogenaamde zelfrealisatie werden gebouwd. De gemeente Houten had in sommige delen geen grond weten te verwerven en in dat geval bouwt een projectontwikkelaar zelfstandig. Deze wijken zijn gekenmerkt door minder openbare ruimte.
Castellum
De onderhandelingen over de bouw van Castellum werden jarenlang vertraagd. De gemeente wilde winkels in Castellum-Oost, maar de projectontwikkelaar die aan zelfrealisatie doet niet. Uiteindelijk zijn er alleen winkels in Castellum-West gekomen en bouwde de projectontwikkelaar in Castellum-Oost woningen. Daarbij hielp ook de steun van de landelijke overheid in het kader van de financiële crisis mee.
De woningen in Houten-Zuid kennen een diverse architectuur. De wijken zijn fietsvriendelijk en sinds de opening van de winkels in 2011 in de wijk Castellum heeft Houten-Zuid ook een hart. De eerste bewoners hebben 13 jaar moeten wachten op deze winkels.
Openbaar vervoer
De eerste bewoners in De Landen kregen vanaf 1998 te maken met een lijnbus tussen Station Houten en Kruisvaardersland. Deze bus week wel eens af van de route en bracht de mensen tot voor de deur. Tussen 2001 en 2008 was er een tijdelijk NS-station Castellum naast de Loerickerstee in gebruik. Over een NS-baanvak werd met een tram gereden. Het was de kortste spoorlijn van Nederland. Sinds 12 december 2010 stoppen er treinen in het huidige station Castellum.