Vanaf 5 augustus 1796 keerde de vrijheid van godsdienst terug. De katholieken konden daardoor openlijk hun geloof belijden. De wet stelde dat de gemeenschap met de meeste leden, aanspraak maakte op het bestaande kerkgebouw. Dit veroorzaakte veel onrust in Houten.
IOp voorhand, in juni 1796, probeerden de dorpelingen een oplossing te vinden. De katholieken die in meerderheid waren eisten de kerk aan het Plein op. Dominee Rensen weigerde de sleutel af te geven, waarna Schout Pieter van Engelen op 3 juli 1796 naar de dominee stapte. De schout werd opgewacht door een woedende massa, die hem met stenen bekogelde. Een deel van de massa stond nog enkele dagen witheet voor de woning van de schout, die zijn huis niet uit durfd e te komen.
Twee jaar later besloten de katholieken een eigen kerk te bouwen. De protestanten hielpen uit eigen belang mee met de geldinzameling voor een katholieke kerkruimte. Dit werd het achterhuis van een boerderij langs de Loerikseweg. Deze schuurkerk werd op 1 november 1798 in gebruikgenomen. Daarmee keerde de rust terug in Houten.
In 1829 werd een kerkhof aangelegd naast de schuurkerk, die er tegenwoordig nog steeds is. Verbouwing van de schuurkerk volgde in 1843, waarbij de priester een orgel schonk. Ondertussen verzamelden de parochianen geld voor de bouw van een eigen kerkgebouw.
Nieuw kerkgebouw
In 1882 was het zover en kreeg architect Alfred Tepe de opdracht een nieuwe kerk en pastorie te bouwen.
De bouw van deze kerk startte op 4 juni 1884 en op 8 oktober 1885 was deze gereed. In eerste instantie was het de bedoeling om een vrijstaande kerktoren te bouwen, die hoger zou worden dan die van de gereformeerden. Vanwege de financiën werd hier vanaf gezien. Daarop werd de kerktoren geplaatst op het kerkgebouw.
Rond 1920 floreerde het katholieke geloof en de geestelijken hadden veel aanzien. De toenmalige priester en kapelaan lieten hun gezicht aanbrengen in de gebrandschilderde ramen aan de zuidzijde van de kerk. Ze staan daardoor afgebeeld tussen de heiligen. Dit is momenteel terug te zien in de kerk.
Op 23 maart 1943 werden de klokken van de kerk gevorderd. In 1948 bij het terughangen van de klokken werd de klokkentoren gerenoveerd.
| 1796 | Strijd om kerk op het Plein |
| 1798 | Start schuurkerk |
| 1829 | Begraafplaats Vlierweg |
| 1843 | Orgel voor kerk |
| 1882 | Opdracht architect Tepe |
| 1884 | Bouw kerk |
| 1885 | Inwijding kerk |
| 1886 | Sloop schuurkerk |
| 1943 | Vordering klokken |
| 1948 | Renovatie klokkentoren |