De eerste spoorlijn die werd aangelegd doorkruiste de voormalige gemeente Oud-Wulven. In 1845 werd deze Rijnspoorlijn tussen Utrecht en Arnhem in gebruik genomen. De Rijnspoorlijn ligt tegenwoordig niet meer binnen de gemeentegrens.
Tussen 1864 en 1868 werd dwars door de gemeenten Houten en Schalkwijk Staatsspoor H aangelegd. Deze spoorlijn liep ten oosten van de kern Houten en dwars door de kern Schalkwijk. Beide dorpen kregen een station. Met de stroomtrein werden personen en goederen vervoerd.
Voor de aanleg van de spoorlijn werd grond onteigend. Hiervoor werd op 20 juni 1862 een wet ondertekend door minister Torbecke en Koning Willem III.
Op 1 november 1868 werd de spoorlijn geopend. De spoorlijn verbond Utrecht met Den Bosch en doorkruiste de grote rivieren. De spoorbrug bij Culemborg was lange tijd de grootste in Europa. Dankzij deze spoorlijn werd het spoorwegennet in het noorden van Nederland verbonden met het zuiden van Nederland.
De komst van de spoorlijn betekende ook de komst van overwegen. In Schalkwijk een stuk of vier (Achterdijk, Jhr. Ramweg, Wickenburghselaan, Korte Uitweg), in Houten een stuk of vijf (Poeldijk, Leedijk, Loerikseweg, Vlierweg, Fortweg) en enkele kleinere met landwegen. Sommige kregen afsluitbomen en wachterswoningen.
Ongelukken
Al in 1871 kwam in Schalkwijk een spoorongeluk voor, waarbij één dode viel. Het was het vijfde ernstige spoorwegongeval in Nederland ooit. In 1917 ontspoorde enkele honderden meters noordelijker de Koninklijke trein.
In de jaren dertig vindt sluiting plaats van beide stations. Alleen tijdens de Tweede Wereldoorlog worden ze tijdelijk geopend. Station Houten blijft in gebruik als goederenstation, voornamelijk voor de fruitoogst. In 1938 worden bovenleidingen aangelegd. In 1944 is de spoorlijn regelmatig doelwit van geallieerde bombardementen.
Spoorbrug
In 1952 wordt de spoorbrug over het Amsterdam-Rijnkanaal in gebruikgenomen. Hiervoor is de spoorlijn enkele tientallen meters naar het oosten verlegd. Ook worden verschillende overwegen gesloten. Overwegen waar af en toe ernstige ongelukken gebeurden en waarbij de lokale huisarts en enkele EHBO-ers hulp moesten verlenen. In 1979 wordt deze spoorbrug vervangen door een grotere brug, wegens verbreding van het Amsterdam-Rijnkanaal.
In de jaren tachtig volgt een ommekeer. Het sluiten en afbreken van stations is niet langer meer aan de orde. In het nieuwe centrum van Houten wordt in 1982 een station gebouwd. 19 jaar later krijgt Houten-Zuid eveneens een tijdelijk NS-station.
Vanwege de spoorverdubbeling tussen het Amsterdam-Rijnkanaal en Utrecht wordt in 2010 station Houten-Centrum vervangen en krijgt Houten-Zuid een nieuw station. Het stationsgebouw uit 1868 wordt in 2007 verplaatst, zodat spoorverdubbeling doorgang kan vinden.
| 1845 | Opening Rijnspoor |
| 1868 | Opening Staatsspoor H |
| 1868 | Opening station Houten |
| 1868 | Opening station Schalkwijk |
| 1871 | Spoorongeluk Schalkwijk |
| 1917 | Ontsporing koninklijke trein |
| 1925 | Minder bewaking overwegen |
| 1934 | Sluiting station Houten |
| 1935 | Opheffing station Schalkwijk |
| 1938 | Elektrificatie |
| 1938 | Begin verlegging spoorbaan |
| 1940 | Stations tijdelijk in gebruik |
| 1944 | Bombardementen spoorlijn |
| 1945 | Stations weer gesloten |
| 1952 | Brug Amsterdam-Rijnkanaal |
| 1963 | Baanvakbeveiliging |
| 1964 | Sloop station Schalkwijk |
| 1965 | Sluiting vrachtvervoer Houten |
| 1970 | Sloop halte Schalkwijk |
| 1979 | Vervanging spoorbrug ARK |
| 1982 | Vervanging spoorbrug Culemborg |
| 1982 | Opening nieuw station Houten |
| 2001 | Opening halte Castellum |
| 2007 | Verplaatsing stationsgebouw |
| 2008 | Sluiting halte Castellum |
| 2010 | Spoorverdubbeling |
| 2010 | Opening vernieuwd station |
| 2010 | Opening station Castellum |