Na de Romeinse tijd kwam in de vroege middeleeuwen Houten in een bestuurlijk vacuum terecht. Houten lag aan de rand van het Frankische Rijk, maar ook aan de rand van Frisia. Na de strijd tussen de Franken en Friezen grepen de Franken in 719 definitief de macht.
Halverwege de 9e eeuw namen de Denen (Noormannen) het bewind in de regio over. Aan het eind van de 9e eeuw vindt de ondergang van Dorestad plaats. Houten viel onder het gouw Dorestad, dat geruisloos over ging in het graafschap Opgooi.
Nazaten van de Hollandse graven maken de dienst uit. Waneer de macht van de bisschop van Utrecht groeit, komt de lagere rechtsmacht in handen van de Heren van Goye. Het westelijke deel viel onder het gouw Niftarlake en de omgeving langs de Lek onder het gouw Lek en IJssel.
15 gerechten
In de late middeleeuwen bestond het gebied rond Houten uit verschillende gerechten. Deze gerechten werden bestuurd door een edelman, die het gebied hadden gepacht of gekocht. De eigenaar van het gerecht oefende lokale regeermacht en lagere rechtspraak uit. In het hele Kromme Rijngebied waren 58 gerechten te vinden.
Houten telde uitiendelijk zo'n 15 gerechten. Het gerecht Houten en 't Goy en het gerecht Schalkwijk waren de grootsten. Er was ook een aantal minigerechten ter grootte van één boerderij. Die waren veroorzaakt door afsplitsingen binnen een familie. Na de middeleeuwen werd het aantal gerechten minder en kwamen ze steeds vaker in handen van rijke stedelingen. Zogenaamde ambachtsheren. Een gerecht noemde men dan ook wel ambachtsheerlijkheid. Om de een of ander reden waren dat vooral personen die panden bezaten aan de Drift in Utrecht.
De schout
De grotere gerechten hadden een schout in dienst die was belast met de uitvoering van de rechtsspraak, het innen van geld bij de boeren en het bestuur. De rechtspraak zelf in die tijd werd door de buren gedaan. Het zogenaamde burenrecht. In de 15e eeuw werd hier en daar een schepenbank ingesteld. Nadat in 1528 Het Sticht verdween, werd dit proces versneld. In 1662 hadden alle gerechten schepenrecht. Een schepenbank bestond uit de schout en een aantal personen die door de Staten van Utrecht waren aangewezen. Deze schepenen deden meer dan alleen rechtspreken, ze hielden zich ook bezig met belastinggeld innen en met de wegen. Het was een dagelijks gerechtbestuur geworden.
Splitsing gerechten en kasteel
In sommige gevallen werd het kasteel gesplitst van de ambachtsheerlijkheid. Dit gebeurde in 1727 in Schonauwen en in 1651 in Schalkwijk. Zodoende treffen we in de bronnen meerdere heren van Schalkwijk of Schonauwen aan. De een woonde in het kasteel, de ander was eigenaar van het gerecht. De belangrijkste gerechten in het huidige Houten waren:
Het gerecht Houten en 't Goy
Het gerecht Schalkwijk
Het gerecht Schonauwen
Het gerecht Honswijk
Het gerecht Tull en 't Waal
Het gerecht Oud Wulven en Waijen
Het minigerecht Geer of Ruemsthofstede
Het gerecht Wulven
Het minigerecht Heemstede
In 1798 werd door de Fransen het heerlijk recht afgeschaft. De ambachtsheerlijkheid kwam daarmee te vervallen.
De schepenbanken werden in 1811 afgeschaft. Rechtbanken en gemeenteraden kwamen ervoor in de plaats. De schout werd voorzitter van de gemeenteraad. Vanaf 1825 wordt niet meer over schout gesproken, maar over burgemeester.
Wel werd de titel ambachtsheer tot halverwege de 19e eeuw doorverkocht. Het was vooral een statussymbool. Ambachtsheren gaven aan niets met het bestuur van een gemeente te maken willen hebben. Incidenteel bemoeiden ze zich op verzoek met benoemingen.
| ±780 | Gouw Dorestad |
| 850 | Deense bezetting |
| 870 | Oost-Frankisch |
| ±870 | Gouw Opgooi |
| ±1027 | Graafschap Opgooi |
| 1451 | Eerste schepenen Honswijk |
| 1662 | Geen burenrecht meer |
| 1798 | afschaffing heerlijk recht |
| 1798 | Ontstaan gemeentes |
| 1802 | Opheffing gemeentes |
| 1811 | Afschaffing schepenbank |
| 1812 | Ontstaan gemeentes |
| 1825 | Burgemeester |