Kasteel Marckenburg is vermoedelijk aan het eind van de 13e eeuw gebouwd. Historici denken dit te kunnen afleiden aan de vorm van het kasteel. Ongetwijfeld moet het kasteel eigendom zijn geweest van de familie Ten Goye, die rond die tijd een aanzienlijke macht had in dit deel van de regio.
De eerste eigenaren van Marckenburg zijn onbekend. Wel komt vanaf 1335 Hendrik I van Vianen er te wonen. Deze edelman was getrouwd met Catharina Uten Goye.
Hendrik I van Vianen was eveneens een belangrijk man. Hij was een van de zes waarnemers die bisschop Jan van Arkel tijdens zijn langdurige afwezigheid had aangesteld. Wanneer de bisschop in 1352 terugkomt, worden de zes waarnemers uit hun ambt ontzegt. Hendrik is een van de drie waarnemers die het er niet mee eens is en bindt de strijd aan tegen de bisschop. Vrij snel sterft hij.
Zijn zoon Gijsbrecht van Vianen volgt hem op en zet de strijd voort.
Met zijn vrouw Beatrix van Egmond betrekt hij kasteel Marckenburg.
In mei 1353, enkele weken na zijn trouwen, wordt Marckenburg belegerd. Daarbij wordt ook een slingerarm gebruikt, gezien de gevonden blijdekogels. Na negen weken wordt het kasteel ingenomen en verwoest. Gijsbrecht van Vianen en zijn vrouw overleven de belegering en verdwijnen naar Vianen.
In 1355 wordt er vrede gesloten tussen Holland en de bisschop. Gijsbrecht van Vianen belooft dan de bisschop om bij kasteel Ten Goye het hoogst noodzakelijke te repareren en Marckenburg niet meer op te bouwen.
Huidige tijd
In 1988 heeft de gemeente Houten een bodemweerstandsmeting uit laten voeren op het kasteelterrein van Marckenburg door de RAAP.
Aan de hand van deze meting kan een vierkante plattegrond worden herkend, maar de details zijn vaag. Het kasteel is 28 bij 20 meter geweest en via een aarden wal in het landschap zichtbaar gemaakt.
In de grond zijn de restanten van een omgetrokken muur gevonden.
| ±1300 | Bouw Marckenburg |
| 1335 | Hendrik I van Vianen |
| 1353 | Gijsbrecht van Vianen |
| 1353 | Belegering en sloop |